Mitra Kukar ikut ambil bagian dalam turnamen internasional Menpora Cup 2013 yang berlangsung mulai 20 hingga 29 September di Bandung dan Malang       Mitra Kukar tergabung dalam Grup B turnamen Menpora Cup 2013 bersama tuan rumah Arema Indonesia, Persepam Madura United dan Loyola Meralco Sparks FC (Filipina)       Mitra Kukar akhiri kompetisi dengan menempati posisi ketiga ISL 2012/2013 dengan mengoleksi 65 poin dibawah Persipura dan Arema       Mitra Kukar menang 2-0 atas Persija Jakarta dalam laga terakhir ISL 2012/2013 di Stadion Aji Imbut       Esteban Herrera menjadi pencetak gol terbanyak Mitra Kukar musim ini dengan mengemas 11 gol, disusul Zulham Zamrun dan Ilija Spasojevic yang masing-masing mengoleksi 10 gol       Mitra Kukar U-21 meraih predikat runner up ISL U-21 2012/2013 setelah kalah 2-1 dari Sriwijaya FC U-21 pada laga final di Stadion Kanjuruhan, Malang